飯塚事件で用いられたＤＮＡ鑑定は、足利事件（ＤＮＡ再鑑定により、２００９年４月にえん罪が明らかとなった。）と同じＭＣＴ１１８鑑定であり、
時期もほぼ同時期で、技法や技術も共通で、科警研のほぼ同様のメンバーで行われた。

しかし、飯塚事件のＭＣＴ１１８鑑定は、足利事件以上に不出来であり、
(1)目盛りとなる１２３ラダーマーカーに重大な欠陥がある、
(2)電気泳動像のバンドの幅が広すぎ、形が悪すぎて、型判定ができない、
(3)現場で採取した試料と被告人から採取した試料を同時に電気泳動していない等、
数々の問題点がある。

また、科警研は、たくさんあった鑑定試料を全て鑑定で消費してしまったと主張しており、
再鑑定が不可能であるという重大な問題がある。

遺留品発見現場の目撃証言は、目撃後に相当時間が経過しているのに、内容があまりにも詳細にすぎ、実際には見えないはずのことまで証言している等の問題点がある。
被害者の失踪現場付近での目撃証言も、事件発生から何か月も経過してから証言を始めた、科警研のＤＮＡ鑑定が出た後に証言を始めた、
その内容もあまりにも詳細にすぎる等の問題点がある。